An der 1456 gegründeten Universität Greifswald besitzt die Pharmazie eine sehr lange Tradition. Hier wurde bereits 1559 mit Franziskus Joel (1508–1578) ein Apotheker auf die zweite Professur für Medizin berufen, der pharmazeutische Lehrinhalte vermittelte und in seinen Büchern behandelte. Einen Aufschwung erlebte der naturwissenschaftliche Unterricht an der Universität Greifswald jedoch durch den Mediziner Christian Ehrenfried Weigel (1748–1831), der 1775 zum Professor Chemiae et Pharmaceutices berufen wurde. Er hielt pharmazeutische Spezialvorlesungen und prüfte die Apotheker.

Mit der Berufung von dem Wöhler-Schüler Heinrich Limpricht (1827–1907) erlebten Chemie und Pharmazie einen bedeutenden Aufschwung, so dass Greifswald bald als „Hochschule der Apotheker“ galt. Besonderen Anteil daran hatte der Apotheker Hugo Schwanert (1828–1902), der ab 1875 als zweiter Professor der Chemie wirkte und besonders eng mit der Pharmazie verbunden war. In der Ära Limpricht/Schwanert erhielten 1.382 Apotheker in Greifswald ihre Ausbildung. Nach Schwanerts Tod wurde dessen Ordinariat in zwei Extraordinariate aufgeteilt, eines davon für Pharmazeutische Chemie, so dass die Pharmazie nun erstmalig von einem eigenen Professor vertreten wurde. Es entstand zugleich eine Abteilung für Pharmazeutische Chemie, deren Leitung der Apotheker Max Scholtz (1861–1919) übernahm.

Ab 1921 wurde Franz Lehmann (1881–1961) zum Ordinarius für Pharmazeutische Chemie berufen, der sich mit großer Hingabe der Lehre widmete, aber keine Forschung betrieb. Auf der Grundlage eines Erlasses des Reichswissenschaftsministeriums vom 14. Februar 1938 wurde die Pharmazie in Greifswald geschlossen. Erst am 25.03.1946 erfolgte die Gründung eines Pharmazeutisch-Chemischen Institutes unter Lehmann. Unterstützt wurde dieser von seinem Jugendfreund Johannes Valentin (1884–1959), unter dem die Forschung einen beträchtlichen Aufschwung erlebte.

1954 wurde Roland Pohloudek-Fabini (1913–1985) auf den Lehrstuhl für Pharmazeutische Chemie berufen, unter dem 1968 die Gründung der Sektion Pharmazie erfolgte. An dieser waren neben der Pharmazeutischen Chemie weitere Zweigdisziplinen wie die Pharmazeutische Biologie, die Arzneimittelkontrolle, Organisation und Ökonomie des Arzneimittel- und Apothekenwesens (später Sozialpharmazie) und seit Ende der 1970er-Jahre die Pharmazeutische Technologie und Biopharmazie mit Professuren vertreten. 1992 wurde zusätzlich eine Abteilung für Geschichte der Pharmazie/Sozialpharmazie eingerichtet, die jedoch nach der Wegberufung des Stelleninhabers im Jahre 2000 nicht mehr existierte.

Greifswald ist die einzige Ausbildungsstätte für Apotheker im Bundesland Mecklenburg-Vorpommern. Zurzeit (WiSe 2017-2018) sind acht berufenen Professoren am Institut für 476 Studierende (Staatsexamen) und 31 Diplomanden tätig